Konsekracja nowego kościoła zawsze jest wielkim wydarzeniem dla parafialnej czy diecezjalnej wspólnoty wiernych. Poza tym jej liturgia ma szczególnie uroczysty i pełen symboliki charakter: biskup błogosławi wodę, po czym kropi nią ściany kościoła i zgromadzonych w nim wiernych, namaszcza olejem (krzyżmem) ołtarz i okadza go, następnie oświetla się świątynię, a celebrans zapala świecę, wypowiadając formułę: „Niech w kościele jaśnieje światło Chrystusa, aby wszystkie ludy osiągnęły prawdę”. Konsekracja, której 1 lipca dokonał abp Domenico D’Ambrosio, arcybiskup Manfredonii-Vieste-San Giovanni Rotondo, dla milionów katolików na całym świecie była czymś wyjątkowym - w tym dniu poświęcono w San Giovanni Rotondo nowy kościół pw. św. Ojca Pio.
Gdy Ojciec Pio przybył 28 lipca 1916 r. do San Giovanni Rotondo, przy klasztorze Kapucynów znajdował się mały kościół z XVI wieku. W 1624 r. trzęsienie ziemi uszkodziło budynek i trzeba go było odrestaurować. Odnowioną świątynię dedykowano w 1676 r. Matce Bożej Łaskawej (Maria Santissima delle Grazie). W tym przyklasztornym kościółku zaczęła się niezwykła historia Padre Pio, jednego z najbardziej czczonych świętych naszych czasów, taumaturga i apostoła konfesjonału. Gdy po zakończeniu II wojny światowej do San Giovanni Rotondo zaczęły przyjeżdżać pielgrzymki, kościół nie mógł pomieścić wiernych. W 1952 r. przybył tu również ówczesny generał Kapucynów Begnigno da Sant’Ilario Milanese, który uczestniczył we Mszy św. celebrowanej przez Ojca Pio w tłumie pielgrzymów. Generał zrozumiał wówczas, że należy wznieść nowy, większy kościół. Kamień węgielny pod nową świątynię położono 2 lipca 1956 r. W tym czasie liczba pielgrzymów była tak duża, że od 1954 r. Ojciec Pio zaczął odprawiać Mszę św. również na zewnątrz. Budowa nowego kościoła trwała 3 lata, konsekrowano go 45 lat temu - 1 lipca 1959 r. Współbracia opowiadają, że gdy dokonywano inauguracji, Ojciec Pio powiedział: „Coście zbudowali, pudełko zapałek?! Następny kościół musi być większy, bo po śmierci będzie o mnie głośniej niż za życia”.
Miał rację Ojciec Pio: wkrótce i nowy kościół stał się zbyt mały, by pomieścić rzesze wiernych. Dlatego 14 lat temu - już po śmierci Świętego - kapucyni postanowili wznieść następny kościół. Jego projekt zlecono najsłynniejszemu architektowi włoskiemu Renzo Piano. Architekt ten nigdy przedtem nie projektował obiektu sakralnego, lecz dzięki współpracy z kapucynami, a szczególnie z konsultantem ds. liturgicznych - ks. Crispino Valenziano udało mu się wznieść budowlę funkcjonalną z punktu widzenia wymagań kultu, monumentalną, a równocześnie prostą, w stylu franciszkańskim. Piano przede wszystkim użył prostych, miejscowych materiałów: białego kamienia, który pochodzi z kamieniołomów w miejscowości Apricena, położonej niedaleko San Giovanni Rotondo, oraz dębowego drewna.
Kościół ma formę gigantycznej muszli. Jego centrum stanowi ołtarz w formie trapezu oraz pilastr, z którego rozchodzą się promieniście kamienne łuki. Te gigantyczne łuki dzielą przestrzeń świątyni nie na tradycyjne, prostokątne nawy, lecz sektory. Obok ołtarza wznosi się wysunięta ku wiernym ambona, której dekorację - rzeźby nawiązujące do tematyki zmartwychwstania Chrystusa - wykonał włoski artysta Giuliano Vangi. Ołtarz oraz zawieszony nad nim olbrzymi pozłacany krzyż z brązu zaprojektował inny znany rzeźbiarz Arnaldo Pomodoro.
Wnętrze kościoła jest imponujące - ma 5,6 tys. m2 i może pomieścić 6,5 tys. wiernych, dla których ustawiono 1500 ławek. Przewidując jednak o wiele większą liczbę pielgrzymów, zagospodarowano również plac kościelny o powierzchni 8 tys. m2 dla 40 tys. ludzi. Przy placu, który stanowi poniekąd drugi kościół na otwartej przestrzeni, znajduje się kamienny krzyż wzbijający się w niebo na wysokość 40 m. Składa się on z 70 bloków wykutych z miejscowego wapienia. Na zewnątrz kościoła, tuż przy jego wejściu liturgicznym, ustawiono basen chrzcielny, do którego spływa woda z 12 fontann. Chrzcielnica jest na tyle duża, że można w niej udzielać chrztu przez zanurzenie.
Nowy kościół wyposażony jest w jedne z największych w Europie organy: mają one 11 m wysokości i składają się z 6,8 tys. piszczałek. Wykonała je włoska firma „Pinchi” z Foligno.
Pod głównym kościołem znajduje się drugi, dolny - na 1000 osób. Na razie nie wiadomo, jakie będzie jego przeznaczenie, chociaż architekt sugerował, że można w nim umieścić sarkofag z doczesnymi szczątkami Świętego.
W nowym kompleksie zaprojektowano również kaplicę Najświętszego Sakramentu, przestrzeń na konfesjonały oraz 3 sale konferencyjne (każda może pomieścić 300-400 osób). Koszt budowy świątyni wyniósł 35 mln euro; pieniądze te zebrano z ofiar czcicieli „Świętego z Gargano”.
Uroczystą Mszę św. na inaugurację kościoła wraz z abp. D’Ambrosio koncelebrowało 23 biskupów i 164 kapłanów. Uświetniły ją śpiewy chóru Kaplicy Sykstyńskiej i 300 chórzystów z całej Apulii. Na uroczystość przyjechało ok. 20 tys. wiernych z całego świata. Byli również obecni przedstawiciele władz włoskich i Zakonu Kapucynów. Wielu pielgrzymów miało nadzieję, że do San Giovanni Rotondo przyjedzie także Ojciec Święty, lecz okazało się to niemożliwe. Wysłannikiem Jana Pawła II był Joaquín Navarro-Valls, dyrektor Biura Prasowego Stolicy Apostolskiej.